Bij biologische certificering gaat het zowel om de bedrijfsprocessen als om de producten die gemaakt worden. In veel bedrijven worden reguliere én biologische producten gemaakt. Een bedrijf moet maatregelen nemen om te voorkomen dat deze stromen door elkaar kunnen lopen, onder meer met een risicoanalyse, ingangscontrole van grondstoffen, gescheiden productie, gescheiden opslag. Producten moeten traceerbaar zijn en uit de administratie moet duidelijk worden dat er niet meer biologisch eindproduct is gemaakt dan er grondstoffen het bedrijf zijn binnengekomen. Ook moeten klachten volgens bepaalde regels worden geregistreerd.